Οι συνηθέστερες παρενέργειες της χημειοθεραπείας είναι:
- η μυελοτοξικότητα (αναιμία, λευκοπενία, θρομβοπενία),
- η ναυτία-έμετοι,
- ο ερεθισμός των βλεννογόνων (μάτια, μύτη, στόμα, κόλπος, έντερο),
- η νευροτοξικότητα,
- η καρδιοτοξικότητα και
- η αλωπεκία.
Με τα υποστηρικτικά φάρμακα που έχουμε σήμερα (αιμοπηκτικοί αυξητικοί παράγονες, ισχυρά αντιεμετικά κ.α.) η χημειοθεραπεία δεν είναι πια η επώδυνη εμπειρία του παρελθόντος. Πολλές γυναίκες, κατά τη διάρκεια της χημειοθεραπείας, συνεχίζουν τις δραστηριότητές τους κανονικά (εργασία, ενασχόληση με το σπίτι κ.α.). Οι γιατροί τις ενθαρρύνουμε προς την κατεύθυνση αυτή.
Η παρενέργεια της χημειοθεραπείας, που ίσως περισσότερο απ'όλες ενοχλεί τις γυναίκες, είναι η αλωπεκία, δηλαδή η απώλεια των μαλλιών τους. Σε κάποια κέντρα χρησιμοποιείται η λεγόμενη παγωμένη "κάσκα", δηλαδή σύστημα ψύξεως του τριχωτού της κεφαλής. Η εφαρμογή του είναι πιο αποτελεσματική με το σχήμα CMF, μέτρια αποτελεσματική στα σχήματα που περιέχουν ανθρακυκλίνες και πολύ λίγο αποτελεσματική όταν το σχήμα περιέχει ανθρακυκλίνη και ταξάνη. Τα συστήματα ψύξεως τριχωτού κεφαλής χρησιμοποιούνται σε κάποιες ερωπαϊκές χώρες, αλλά όχι στις ΗΠΑ. Ένας φόβος (μάλλον θεωρητικός) είναι ότι δεν φτάνει το φάρμακο στο τριχωτό της κεφαλής και επομένως η περιοχή του τριχωτού παραμένη "ακάλυπτη" από τη θεραπεία. Ο φόβος αυτός είναι περισσότερο για κάποιες αιματολογικές κακοήθειες, που έχουν διαφορετική βιολογική συμπεριφορά από τους συμπαγείς όγκους. Το τριχωτό της κεφαλής είναι μια εξαιρετικά σπάνια θέση μεταστάσεων στον καρκίνο του μαστού.
Η διακοπή της περιόδου μπορεί να συμβεί στις προεμμηνοπαυσιακές γυναίκες με τη χημειοθεραπεία. Τις περισσότερες φορές διαταράσσεται στην αρχή και διακόπτεται στη συνέχεια. Πολλές φορές, και ιδίως στις νεότερες γυναίκες, η λειτουργία των ωοθηκών επανέρχεται μετά το τέλος της χημειοθεραπείας. Όταν η νόσος είναι ορμονοεξαρτώμενη, προχωρούμε σε διακοπή της περιόδου με ενέσεις (LHRH - ανάλογα), μετά το πέρας της χημειοθεραπείας.
Στη διάρκεια της χημειοθεραπείας πρέπει να λαμβάνονται μέτρα αντισύλληψης κατά τη σεξουαλική επαφή. Τα μέτρα αυτά συνιστώνται και για ένα διάστημα μετά το πέρας της χημειοθεραπείας. Το θέμα της τεκνοποίησης μετά την εκδήλωση καρκίνου του μαστού είναι ένα μεγάλο θέμα, που η ασθενής πρέπει να συζητά με τον γιατρό της. Δεν απαγορεύεται εφόσον περάσει ένα χρονικό διάστημα ολίγων ετών.